安(卡洛尔·琳蕾 Carol Lynley 饰)和女儿邦妮过着相依为命的生活,母女两人之间的感情非常的亲密。一天,安照例接邦妮放学,哪知道等了半天也没有见到女儿的身影,焦急之中,安报了警。
然而,警方调查后发现,这所学校里根本就没有一个叫做邦妮的学生,而安的家里,也没有任何邦妮在这里生活过的痕迹。难道这一切,只是安的幻想吗?随着调查的深入,事件反而变得更加扑朔迷离起来,所有人都将安看做是一个精神失常有着妄想症的女人,但安非常的确定,邦妮确实存在。
自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。某天,FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内,维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪,其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly 饰)声称看到了犯罪画面,因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入,穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……
本片为同名美剧的第二部剧场版。