本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 　　雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安

“这怨恨，将带你落入地狱！” 　　在青少年中流传着这样一个传说，有一个名叫“地狱通信”的网站，它只能在凌晨零点整链接成功，如果你的心中怀有足够的恨意，就能召唤出地狱少女，她会惩罚带给你痛苦的那个人，但同时，你也将永远背负上死亡的烙印，当你的生命结束之时，你将被流放到仇人所在的地狱之中。阎魔爱（能登麻美子 配音）表面上只是一个普通的少女，但她的另一个身份，即是可怕的地狱少

只有午夜零时才能访问的「地狱通信」，如果把怨恨写信投递的话,地狱少女将会出现,将你所怨恨之人打入地狱的深渊。在街头巷尾流传的传言实际上却有其事。她的名字叫做阎魔爱，平时并不是很起眼的少女，一旦与憎恨的感情相共鸣时，就会变身成为地狱少女。但是，这里有传说中未曾提到的，与少女的契约“诅咒别人是双重的，再把对方送进地狱的同时，你的灵魂在死后也会进入地狱，尽管这样也无所谓吗？”

在都市的小孩子中，有着这样一个传言：只要在深夜0点的时候与“地狱通信”取得联系，将无法发泄的怨恨写下来，地狱少女就会出现，她将为你把怨恨的人打入地狱。 　　然而让人意想不到的是，这个传言竟然是真实的。写给地狱通信的信件都会传达给一名叫做阎魔爱的少女，当她与信件中的怨恨感情产生共鸣的时候，她就会变身成为地狱少女。

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。

一个奇怪的卖药郎来到一个大户人家推销药品，得知这户人家的新娘在出嫁前意外死亡。原来这是“化猫”的报复。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要拔剑消灭妖怪，必须要有“形、实、理”。于是，20年前一桩悲剧被重新提起……