远在北欧大海中央的博克岛,即将迎来一年一度的快乐圣诞节。希卡普(杰伊·巴鲁切尔 Jay Baruchel 配音)和他的好朋友无牙一如既往,在博克岛的上空自由翱翔。可是,突然天空布满了各种各样的龙,甚至连岛上的龙也振翅高飞随这群龙远去。岛民们非常失落,但也只能面对龙离去的事实。未过多久,连无牙也在某个机缘下振翅高飞。过了数日,无牙始终没有返回,这令希卡普非常失落。某天,他被夺门而出的胖龙Meatlug撞到空中,继而随着它来到了一片陌生的小岛。在那里,希卡普发现了所有失踪的龙,也明白了他们离开博克岛的原因…… 而他的好朋友无牙究竟又在哪里呢?
延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。