工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈奈 配音）等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德（山口胜平 配音）从一开始便锁定该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁运送专机。 随着画展日期的临近，柯南（高山南 配音）与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰……

即使死神与灭却师历经千年的血战尽头，毁灭的未来已隐约可见── 　　王族特务·零番队迎击企图侵入灵王宫的友哈巴赫。 　　然而，灭却师之王及其亲卫队击溃了零番队壮烈的卍解，最终踏入灵王大内里。 　　从兵主部一兵卫手中接过守护灵王重任的黑崎一护等人， 　　却因友哈巴赫的诡计，使一护挥剑斩向了灵王。 　　灵王之死──意味着三界的崩溃。 　　各界出现"扭曲"，毁灭的预兆开始笼罩世界。 　　护廷十三队与残存的灭却师联手，向灵王宫进发。 　　但灵王宫已落入"看不见的帝国"之手，化身为"真世界城"。 　　亲卫队在那座

这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。 　　又出现在孩子们面前的令人毛骨悚然的纸芝居艺人大叔，这次带来的令人身心冻结的恐怖纸芝居，主题是“决”。描绘着与“决”相关的奇妙都市传说，以及遭遇了谁都没有见过的怪奇现象的人们的身姿的壮烈故事被编织了出来。

1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！

作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。 　　看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！ 　　企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近…… 　　与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。 　　在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是—— 　　由怪物与少年相遇开启的“忍”之战， 　　此刻正式拉开帷幕——！！！