故事舞台设定在昭和30年代左右的日本，正值高度经济成长期，当时马戏团作为主要娱乐形式，已经融入了人们的日常生活，许多马戏团在日本各地巡回演出，并为了能够参加只有顶级马戏团才被允许参赛的世界级盛会，彼此之间不断竞争、磨炼技艺，在这样的时代背景下，由团长麻利亚率领的向日葵马戏团一边常年为资金短缺而苦恼，一边艰难地继续着巡回演出，就在这时，马戏天才少女鹤卷瑞佳因某些原因来到马戏团，故事也由此开始展开。

1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处。

即使死神与灭却师历经千年的血战尽头，毁灭的未来已隐约可见── 王族特务·零番队迎击企图侵入灵王宫的友哈巴赫。 然而，灭却师之王及其亲卫队击溃了零番队壮烈的卍解，最终踏入灵王大内里。

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与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！

在第二季中，通过修学旅行和舞会等在原作中广受欢迎的篇章，细腻地描绘了瑞稀、佐野、中津三人之间的情感发展。此外，佐野的弟弟·森，以及身为专业摄影师、梅田的后辈·原秋叶等角色也将登场，瑞稀的日常生活变得更加热闹起来⁉ 　　与这些个性鲜明的成员共度、令人心跳加速的男校生活仍在继续。